Dezynfekcja odwróconej osmozy pozwala na pozbycie się wszelkich bakterii i mikroorganizmów, które zbierają się głównie od strony wylewki i odrzutu wody. Membrana zapewnia na tyle dokładną filtrację, że mikroorganizmy nie powinny się przez nią przedostać. Do dezynfekcji systemów odwróconej osmozy najczęściej stosuje się tabletki na bazie chloru Javel Aqua. Dezynfekcje odwróconej osmozy zaleca się przeprowadzać podczas każdej wymiany wkładów. W przypadku odwróconej osmozy wkłady wstępne powinno się wymieniać w momencie, kiedy znajduje się w nich nadmiar zanieczyszczeń, mniej więcej co pół roku, w zależności od zużycia wody. Wkład końcowy węglowy, liniowy i mineralizator maksymalnie do roku. Do jednej dezynfekcji wystarczy 1-2 tabletki. Dezynfekcja powinna obejmować wszystkie elementy zestawu min. obudowy, wężyki, złączki, zbiornik osmotyczny, wnętrze wylewki.